AgBiome

Summary

AgBiome是一家生物技术公司,利用他们对植物相关微生物组的知识来创造创新的农作物保护必赢网站网址. 最近被评为全球领先的50家亚博科技公司之一, 他们分离, 目录, 每年从世界各地收集的样本中对成千上万的微生物进行基因组测序,以创造出更有效、更可持续的农必赢网站网址. 他们的使命是成为作物保护领域最好的创新者.

AgBiome-team

“厚皮类动物帮助必赢网站网址将现有的数据科学管道从手工管理的脚本转换为可扩展的, 可重复的端到端的工作流程; enabling us to focus more on developing transformative technology to drive agriculture forward instead of wrangling infrastructure.”

Mauricio博根 导演的 & 科学计算

所面临的挑战

毛里西奥·博根和查尔斯·佩佩-兰尼, AgBiome计算生物学团队的成员, 需要一种方法来改进公司在基因组数据科学方面的方法. 随着来自众多来源的新微生物数量的快速增长,支持他们研究过程的基础设施有限, 毛里西奥和查尔斯意识到有必要采取一种新的方法. 以满足业务的需要, 团队需要开始将他们的手工流程转换为自动化的、可重复的、可扩展的管道.

而不是花时间创新和使用技术作为业务的力量倍增, 团队花了很多时间处理脚本和分析. “必赢网站网址有很多手工制作的、一次性的特别分析. 毛里西奥说. 因此, 他和查尔斯决心改变他们的习俗, 将大量手工工作流程转化为迭代, 易于组装的管道,可以随业务扩展.

Charles是在听到厚皮类动物员工Daniel Whitenack在 数据怀疑论者播客 和看 丹尼尔在YouTube上的很多会议演讲. 他看到了它的潜力,可以重塑他们的工作流程,让科学家们更快地获得数据. 在探索了各种选择之后, 他们选择了厚皮类动物,因为它是传递标准化的最有效平台, 端到端数据科学管道. 它可以在任何基础设施上扩展,同时为团队提供了通过Docker®容器轻松利用新框架和语言所需的灵活性.

为什么AgBiome选择厚皮类动物

效率

手动管理不断扩大的微生物基因组的基因组分析过程,已经有数万个,这意味着大量的时间和资源集中在基础设施上,而不是他们的核心专业知识上, 数据科学. 团队将需要跟踪并经常为每个单独的分析生成必要的数据. 厚皮类动物使AgBiome配置可重复, 还有利用Docker®容器的模块化管道. 这意味着他们可以标准化管道的各个方面,并构建预制的工作流,当新数据添加到系统时,这些工作流将自动运行.

灵活性

AgBiome的计算生物学团队支持一个大约70名科学家的团队, 每个都有独特的需求和偏好. 毛里西奥和查尔斯希望简化这些环境,而不是强迫每个人遵守特定的语言. 由于厚皮类动物利用Docker®容器,是, 因此, 语言/框架不可知论者, 数据科学家可以灵活地为工作选择合适的工具,而不会增加额外的复杂性.

出处

除了需要处理大量数据之外, AgBiome需要同时保持结果的可重复性. 鉴于其版本控制数据的能力,厚皮类动物是一个自然的适合, 类似于Git处理代码的方式. 这将使AgBiome能够随着时间的推移跟踪其数据的状态, 对历史数据进行Backtest模型, 与队友共享数据, 并恢复到以前的数据状态.

可伸缩性

AgBiome希望能够在当地进行实验, 轻松扩展更大的工作负载, 还可以在需要的时候利用云. 厚皮类动物是Agbiome唯一的平台,可以为他们的业务提供所需的数据来源,同时支持分布式处理和在内部和云中运行的能力. 通过选择厚皮类动物, AgBiome不仅可以在需要时利用云, 但这也为未来的进一步创新(比如转向无服务器环境)奠定了基础.

可用性

厚皮类动物仪表板提供了一个可视化界面,使得管道的概念对所有相关人员来说都是直观的. 这意味着计算生物学家可以很容易地看到他们完成的工作,并立即了解他们的数据发生了什么. 他们不需要浪费时间去理解复杂的IT概念,而是专注于构建管道,而厚皮类动物负责其余的工作.


结论

AgBiome正以最具创新性的方式引领下一次农业革命, 大规模使用植物微生物组. 要跟上这个节奏, 他们希望厚皮类动物能够自动化他们的基因组管道,并将现有的管道从手工管理的脚本转换为可伸缩的, 可重复的端到端的工作流程. 他们的团队现在可以更多地专注于开发变革性技术,以推动农业发展,而不是纠缠于基础设施建设.

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